La serie utiliza la intriga de los casos al servicio de una trama en la que el gancho principal es la química entre los dos protagonistas. La acción transcurre principalmente en el Instituto Jefferson de Washington DC, lugar de trabajo de la doctora Brenan, presentado como una catedral de la investigación forense. En el Jefferson también aparecen el resto de personajes claves de la serie, como los compañeros de Brenan, entre los que destaca Ángela (Michaela Conlin), que también va a descubrir un secreto en la cuarta temporada: tendrá una relación con una atractiva mujer desvelando su homosexualidad.

Entre las curiosidades que aportan las nuevas entregas, además de la "salida del armario" de Ángela, "Bones" también
introducirá un nuevo personaje: Jared, el hermano del agente Booth, que se presentará en Washington porque va a trabajar en el Pentágono.